从性质上来看，经营部属于个体工商户性质，而注册公司则是一种更为正式的企业组织形式。两者的注册流程和所需材料也有所不同。经营部的注册登记手续相对简单，而注册公司的流程则更为复杂，包括核准名称、提交材料、领取执照和刻章等步骤。

在税务征收方面，经营部主要申报个人所得税，并可以定额征收增值税和附加税。而公司则需要根据其实际收入申报缴纳增值税、企业所得税等。这是两者在税务方面的主要差异。

在法人资格和连带责任方面，经营部不具备法人资格，承担的是无限连带责任；而注册公司则具有法人资格，承担的是有限连带责任。

注册公司和经营部的注册资金也存在差异。经营部的注册资金较低，数千即可；而注册公司的资金则视其性质而定，可能从几万到几十万不等。

7、征收方式的差异：经营部大多采用核定征收方式，而公司则多采用查账征收方式。

经营部通常是根据其所在地规模、员工人数及商品销售情况，由税务机关估算销售额并确定税额。无论当月收入多少，有无收入，都需要按照确定的税额交税。而公司则需要根据自行申报的收入来交税，小规模纳税人在季度收入不超过9万元时可享受免税优惠。

8、经营部与公司的注册办理时间不同：经营部注册办理时间为2-7天，而公司注册时间则需15天以上。

注册经营部即个体工商户，需要向工商局缴纳310元的营业执照费用，公安局刻章费用为70元/个（公章和财务章共计140元），组织机构代码证费用为140元（不开银行对公账户则无需办理），税务登记证费用为20元，银行开户费用为50元至300元不等（因开户行不同，费用有所差异）。

经营部作为个体工商户，在税务方面也有一些特定规定。如果属于小规模纳税人（包括私营企业和个体工商户），税务机关会按照生产经营额的3%征收增值税，并依增值税额征收10%的城市维护建设税及教育费附加。还需缴纳印花税，具体金额根据合同金额或帐册本数确定。而工商行政机关则会按照生产经营额的1.5%-2.5%征收管理费。

经营部与公司还存在以下差异：

1. 法人资格：经营部不具备法人资格，而公司则具备。

2. 连带责任：经营部承担无限连带责任，而有限责任公司承担有限连带责任。

3. 征收税种：个体户可定额征收增值税和个人所得税；公司则根据实际收入征收，包括增值税、企业所得税等。

4. 申报缴纳的税种：经营部申报个人所得税，而公司申报企业所得税。经营部还可以定额征收增值税和附加税，而公司则需缴纳增值税、附加税和企业所得税。

关于公司注册流程，主要包括核准名称、提交材料、领取执照以及刻章等事项。具体而言，首先需要确定公司类型、名字、注册资本、股东及出资比例后，去工商局现场或线上提交核名申请；核名通过后，确认地址信息、高管信息、经营范围，在线提交预申请，并在线预审通过后携带材料到工商局递交申请；最后领取营业执照，并凭营业执照到公安局指定刻章点办理公司公章、财务章等相关事项。

以上内容仅供参考，具体细节可查阅相关法规或咨询专业人士。