分公司注册股东协议是一个重要的法律文件，用于明确分公司内各股东之间的权利、义务和责任。在公司成立初期就制定这样一个协议可以帮助解决未来潜在的争议和纠纷，有利于公司的长期发展。

第一步：明确定义分公司的股权结构

在协议中，需要包含关于分公司的股权结构的明确定义，这包括分公司中股东的份额、股份变更以及选举董事会成员等事项。这有助于防止股东之间的纠纷，确保公司的稳定运营。

第二步：确定各股东的义务与责任

协议还需要明确定义各股东的义务和责任，包括资本注入、按时缴纳股东应向公司负担的各项费用以及各类经营决策等方面。这有助于确保所有股东都遵守协议，共同维护公司利益。

第三步：协议更新与维护

协议需要保持与公司运营情况的适应性，因此协议中需要明确各股东参与协议更新的方式和程序。此外，协议的维护也需要有专人负责，及时更新协议，防止出现遗漏和纰漏。

第四步：解决争端的方式

即使协议制定缜密，股东之间仍然可能发生纠纷。为了解决任何争端，协议需要明确规定争端的解决方式，包括是否需要进行仲裁、如何选择仲裁机构以及如何执行争端的最终裁决等。

总之，分公司注册股东协议是公司发展的关键元素。通过制定协议，可以明确股东的权利和职责，防止纷争，并确保公司的长期稳定运营。